Validação da metodologia de desenvolvimento próprio para genotipagem na região da integrase do HIV.

Nascimento, Érica Ramos dos Santos

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Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS)
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Medicina
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MEDI - Dissertações de Mestrado
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dc.contributor.advisor	Arruda, Mônica Barcellos
dc.contributor.author	Nascimento, Érica Ramos dos Santos
dc.date.accessioned	2022-05-24T16:38:45Z
dc.date.available	2022-05-24T16:38:45Z
dc.date.issued	2021-09-30
dc.identifier.citation	NASCIMENTO, Érica Ramos dos Santos. Validação da Metodologia de Desenvolvimento Próprio na Região da Integrase do HIV. 2021. 82 f. Dissertação (Mestrado em Infecção HIV/AIDS e Hepatites Virais) - Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2021.	pt_BR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/unirio/13390
dc.description.sponsorship	n/a	pt_BR
dc.language.iso	Portuguese	pt_BR
dc.rights	openAccess	pt_BR
dc.title	Validação da metodologia de desenvolvimento próprio para genotipagem na região da integrase do HIV.	pt_BR
dc.title.alternative	Validation of Own Development Methodology in the HIV Integrase Region.	pt_BR
dc.type	masterThesis	pt_BR
dc.contributor.advisor-co	Tanuri, Amilcar
dc.contributor.referee	Arruda, Mônica Barcellos
dc.contributor.referee	Tanuri, Amilcar
dc.contributor.referee	Ribeiro, Luiz Claudio Pereira
dc.contributor.referee	Corrêa, Isadora Alonso
dc.contributor.referee	Pinto, Jorge Francisco da Cunha
dc.contributor.referee	Gonçalves, Cássia Cristina Alves
dc.degree.department	CCBS	pt_BR
dc.degree.grantor	Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro - UNIRIO	pt_BR
dc.degree.level	Mestrado Profissional	pt_BR
dc.degree.local	Rio de Janeiro, RJ	pt_BR
dc.degree.program	Programa de Pós-Graduação em Infecção HIV/AIDS e Hepatites Virais	pt_BR
dc.subject.cnpq	CIÊNCIAS DA SAÚDE	pt_BR
dc.subject.cnpq	MEDICINA	pt_BR
dc.subject.cnpq	DOENÇAS INFECCIOSAS E PARASITÁRIAS	pt_BR
dc.subject.en	Validation	pt_BR
dc.subject.en	In house methodology	pt_BR
dc.subject.en	HIV - Integrase	pt_BR
dc.subject.en	Dolutegravir	pt_BR
dc.subject.en	Treatment	pt_BR
dc.description.abstracten	Since 2017, Brazil has offered Dolutegravir (DTG) associated with 2 NRTIs as a firstline antiretroviral treatment for HIV-1 positive patients. Today, more than 122 thousand Brazilians use DTG in their ARVs schemes. To monitor the therapeutic success, the genotyping test is necessary, all treatment for PLHIV, is offered free of charge by the Ministry of Health through RENAGENO. Following a global trend in cost reduction in countries with limited resources, it is extremely important to validate the own development methodology (VDM). Objective: Validate a lower cost in-house development methodology when compared to the commercial method currently offered. Methods: In the Analytical Sensitivity step, 9 samples of known concentrations were processed to identify the detection limit of the method. For the clinical sensitivity step, 91 samples with varying viral loads were selected. The evaluation of precision and reproducibility were carried out in quintuplicate using 1 sample with subtype B and 1 sample with subtype C, which has the highest prevalence rate in Brazil. The selected samples were part of a genotyping sample bank previously performed by the Molecular Virology Laboratory (MVL). The target region of this study is the Integrase that is part of the HIV-1 POL gene. The samples were applied to the MVL in the steps of RNA extraction, retrotranscription and amplification and reading performed on the ABI 3500™ platform, editing in the Recall program and submission of the edited sequences in the program HIVDrug Resistence Database Stanford and phylogeny with the program SimpLot and FigTree 1.4. 4v. Results: The analytical sensitivity of MVL was from 1000 cp/ml. Reproducibility in subtype B with 98.8% and subtype C with 99.4%. And accuracy with 99.6% in subtype B and 98.5% in subtype C. Conclusion: The MVL proposed by LVM-UFRJ is an option compatible with international validation standards and applicable in the follow-up and monitoring of patients in use of ART.	pt_BR
dc.degree.country	Brasil	pt_BR
dc.description.sponsordocumentnumber	n/a	pt_BR
dc.description.abstractpt	Desde 2017, o Brasil oferece como tratamento antirretroviral de 1ª linha aos pacientes HIV-1 positivos o Dolutegravir (DTG) associado a 2 ITRN. Hoje mais de 122 mil brasileiros utilizam DTG em seus esquemas ARVs. Para acompanhamento do sucesso terapêutico, é necessário o exame de genotipagem que, assim como todo tratamento para PVHIV, é ofertado gratuitamente pelo Ministério da saúde por meio da RENAGENO. Seguindo uma tendência mundial na redução de custos em países com recursos limitados, é de extrema importância a validação de metodologia de desenvolvimento próprio (MDP). Objetivo: Validar uma metodologia de desenvolvimento próprio de menor custo quando comparado ao método comercial oferecido atualmente. Métodos: Na etapa de sensibilidade analítica foram processadas 9 amostras de concentrações conhecidas para identificar o limite de detecção do método. Para a etapa de sensibilidade clínica foram selecionadas 91 amostras com cargas virais variadas. A avaliação da precisão e reprodutibilidade foram realizadas em quintuplicata utilizando 1 amostra do subtipo B e 1 amostra com subtipo C que possuem maior taxa de prevalência no Brasil. As amostras selecionadas faziam parte de um banco de amostras com genotipagem realizadas anteriormente pelo Laboratório de Virologia Molecular (LVM). A região alvo deste estudo é a Integrase que faz parte do gene POL do HIV-1. As amostras foram aplicadas na MDP nas etapas de extração de RNA, retrotranscrição e amplificação e a leitura executada na plataforma ABI 3500™, edição no programa Recall e submissão das sequências editadas no programa HIVDrug Resistence Database Stanford e filogenia com programa SimpLot e FigTree 1.4.4v. Resultados: A sensibilidade analítica da MDP foi a partir de 1000 cp/ml. A reprodutibilidade no subtipo B com 98,8% e subtipo C com 99,4%. E precisão com 99,6% no subtipo B e 98,5% de aproveitamento no subtipo C. Conclusão: A MDP proposta pelo LVM-UFRJ é uma opção compatível com os padrões de validação internacionais e aplicável no acompanhamento e monitoramento dos pacientes em uso de TARV.	pt_BR
dc.subject.pt	Validação	pt_BR
dc.subject.pt	Metodologia de Desenvolvimento Próprio	pt_BR
dc.subject.pt	HIV - Integrase	pt_BR
dc.subject.pt	Dolutegravir	pt_BR
dc.subject.pt	Tratamento	pt_BR